Beim Prozess der RNA-Interferenz mit chimärer RNA (Chimären-RNAi) wird der Abbau von mRNA durch kurze interferierende RNA-DNA-Chimären ausgelöst. Die Pionierarbeit bezüglich Entdeckung, Design und Anwendung der Chimären-RNAi wurde von Professor Kaoru Saigo und Dr. Kumiko Ui-Tei von der Universität Tokio geleistet.

Chimäre siRNA hat viele Vorteile gegenüber der konventionellen siRNA. Zum einen wurde bereits für mehr als 10.000 Humangene ein zuverlässiger Knock-down-Effekt gezeigt. Das Humangenom besteht aus einem komplizierten genetischen Netzwerk. Durch das einzigartige Design der chimären siRNAs lassen sich jedoch Off-Target-Effekte einschließlich microRNA-spezifischer Effekte erfolgreich vermeiden. Ein weiterer Vorteil der Chimären-RNAi-Technologie ist ihre Wirksamkeit in geringer Konzentration (0,5 nM bis 5 nM). Es wird spezifisch mRNA abgebaut, genomische Sequenzen sind nicht betroffen. Schließlich bietet diese Technologie eine erheblich verbesserte Reagenzienstabilität, da sowohl Sense- als auch Antisense-Strang aus RNA-DNA-Chimären bestehen - wichtig für die Rationalisierung von In-vitro- und In-vivo- Assays und anderen Anwendungen. Gleichzeitig werden so Interferoninduktion und andere Nebenwirkungen auf ein Minimum reduziert.